Die Kathedrale wurde anstelle des Ipatjew Hauses gebaut. Hier erschossen die Bolschewiken in der Nacht vom 17. auf den 18. Juli 1918 den letzten Zar Russlands Nikolai II. Romanow, seine Frau Alexandra, seine vier Töchter und seinen Sohn Alexis. 1977 wurde das Ipatjew-Hause von den Kommunisten (Боря Ельцын )zerstört, weil man befürchtete, dass es zu einem Wallfahrtsort wird. 85 Jahre nach der Tragödie, im Juli 1998, wurden die sterblichen Überreste der Zarenfamilie nach St. Peterburg überführt und dort in der Peter-und-Paul-Kathedrale feierlich beigesetzt. Gleichzeitig wurde in Jekaterinburg die Auf-dem-Blut-Kathedrale eröffnet.